mt-rebuildというプラグインでできるということでしたが、
現在mt-rebuildは公開(配布)されておりません。
下記ページの「rebuild-archives」で代用できました。
mt-rebuildをDL出来る場所を探しています
解凍した「rebuild-archives」を mt/tools/内にアップロード パーミッションを700(サーバー設定による)にして
Cronから実行すればサイトの再構築が実行されます。
MTにデフォルトで入っているmt/tools/rebuild-pagesでも行けるようなブログ記事も多かったですが、上手く行かなかった…